Футболист был впервые вызван в национальную сборную страны , однако во время тренировки получил растяжение боковой связки левого колена. Как сообщил клубный врач «Истиклола» и национальной сборной Таджикистана  Фаррух  Авезов, чтобы не усугублять травму, тренерский штаб сборной принял решение не заявлять  Алишера Джалилова на предстоящие товарищеские матчи, которые пройдут 7 и 11июня.